/tag/常用命令

各位科研江湖的同道中人，见字如面！ 在这个“数据为王，算力为尊”的时代，吾辈每天端坐于屏幕之前，敲击键盘犹如刀光剑影。无论是单挑数以万计的微生态样本大阵，还是在超算节点的演武堂里排兵布阵，若是手中没有一本顺手的“武功秘籍”，岂不极易在繁杂的参数与报错中走火入魔？ 在下杨某（Helloxiaolaodi），于生信这片江湖摸爬滚打多时。从拆解微生物的玄机，到精调高维数据的可视化命脉；踩过坑、掉过发、也曾因环境冲突而气血翻涌。为使各位少侠在“炼丹”之时少走弯路，在下特将平生所集、日常所用之口诀，汇编成了这卷《科研江湖之生信常用命令速查》。 本卷心法按门类归纳，由浅入深，涵盖了生信各大门派的独门绝学： 基础内功（Linux 终端）： 夯实下盘，稳扎稳打。助你在纷繁复杂的目录树中踏雪无痕，来去自如。 演武大堂（Slurm 集群）： 调兵遣将之法。无论你手握多少 CPU 核心，皆能令其令行禁止，让海量并发任务井然有序。 丹鼎之炉（Conda 环境）： 结界护体，隔离依赖。保你百毒不侵，各类软件包法器各安其位，永不干戈。 门派绝技（QIIME 2、R、Python 等）： 从上游序列的抽丝剥茧，到下游热图与进化树的精雕细琢，招招见血，直取核心。 江湖之大，命令之繁，浩如烟海。 望诸位同道展卷有得，遇事不决，速查此篇。 秘籍直达藏经阁（点击传唤）： [ https://www.cnblogs.com/Helloxiaolaodi/p/20359368 ]（谜底：helloxiaolaodi） 愿诸位同道在科研之路上：行码如流水，跑包不报错；神功早日大成，高分 Paper 篇篇过！ —— 杨某顿首 1 个帖子 - 1 位参与者 阅读完整话题

最近帮朋友排查 VPS / 小服务问题时，发现很多时候不是问题复杂，而是第一眼不知道该看哪里。整理一份我自己常用的排查命令，新手可以先收藏，真出事时按顺序扫一遍。 1. 先看机器是不是快满了 # 磁盘剩余空间 df -h # 当前目录下谁占空间最多 du -sh * | sort -h # 内存使用情况 free -h 磁盘满了会引发很多奇怪问题：日志写不进去、数据库启动失败、构建失败、服务莫名 500。 2. 看进程和资源占用 # 实时看 CPU / 内存 top # 按内存占用排序 ps aux --sort=-%mem | head # 按 CPU 占用排序 ps aux --sort=-%cpu | head 如果是小机器，先看是不是某个进程把内存吃完了。很多服务本身没坏，只是被 OOM 或卡住了。 3. 看端口有没有监听 # 查看监听端口和对应进程 ss -tulpn # 只看某个端口，例如 80 ss -tulpn | grep ':80' 访问不了服务时，我一般先确认三件事：服务是否启动、端口是否监听、防火墙或安全组是否放行。 4. 看 systemd 服务日志 # 看服务状态 systemctl status nginx # 看最近 100 行日志 journalctl -u nginx -n 100 --no-pager # 实时跟日志 journalctl -u nginx -f 把 nginx 换成自己的服务名即可。大多数启动失败、配置错误、权限错误都能从这里看到线索。 5. 网络连通性 # 测基础连通 ping 1.1.1.1 # 看 HTTP 响应头 curl -I https://example.com # 看 DNS 解析 nslookup example.com 如果 IP 能 ping 通但域名不行，优先怀疑 DNS；如果本机 curl 正常但外部访问不了，优先查防火墙、安全组、反代配置。 6. 登录和安全简单检查 # 最近登录记录 last # 登录失败记录，部分系统可能没有权限或路径不同 lastb # Ubuntu/Debian 常见 SSH 日志 journalctl -u ssh -n 100 --no-pager 公网机器建议关闭密码登录、改用密钥、限制 root 直登，再配合 fail2ban 或云厂商安全组做基础防护。 我自己的排查顺序 df -h 看磁盘是不是满了。 free -h 和 top 看资源是不是打满。 systemctl status 看服务是否真的在跑。 journalctl -u 服务名 -n 100 看最近错误。 ss -tulpn 看端口是否监听。 curl -I 从本机和外部各测一次。 这套不高级，但够实用。很多问题先按这个流程走一遍，基本能把范围缩到服务、网络、配置、资源这几类里。 佬友们如果有更顺手的排查命令，也欢迎补充，我也想抄作业。 2 个帖子 - 2 位参与者 阅读完整话题

关于vim Vim是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。代码补完、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用。 简单的来说， vi 是老式的字处理器，不过功能已经很齐全了，但是还是有可以进步的地方。 vim 则可以说是程序开发者的一项很好用的工具。 vim的几种模式 正常模式（normal） 正常模式是使用vim打开文件时的默认模式，无论在哪种模式下，按下Esc键就会进入正常模式。在这个模式下，可以移动光标，删除某个字符，删除某行，复制多行，粘贴多行。 命令模式（command） 在正常模式下输入“:”或“/”进入命令行模式，在该模式下可以进行保存，搜索，替换，退出，显示行号等。 插入模式（insert） 在正常模式下按下 i、a、o 键，都进入插入模式，插入模式里可以进行文字的输入，在该模式下按Esc键切换到正常模式。 可视模式（visual ） 可视模式是选中一块区域进行操作，包括删除，替换，复制，粘贴，改变大小写等。 启动Vim vim -c cmd file: 在打开文件前，先执行指定的命令； vim -r file: 恢复上次异常退出的文件； vim -R file: 以只读的方式打开文件，但可以强制保存； vim -M file: 以只读的方式打开文件，不可以强制保存； vim -y num file: 将编辑窗口的大小设为num行； vim + file: 从文件的末尾开始； vim +num file: 从第num行开始； vim +/string file: 打开file，并将光标停留在第一个找到的string上。 vim –remote file: 用已有的vim进程打开指定的文件。 如果你不想启用多个vim会话，这个很有用。但要注意， 如果你用vim，会寻找名叫VIM的服务器；如果你已经有一个gvim在运行了， 你可以用gvim –remote file在已有的gvim中打开文件。 正常模式常用命令 按Esc键进入正常模式 命令 作用 x 删除光标后的一个字符 X 删除光标前的一个字符 r 替换当前字符 R 替换当前行光标后的字符 nx 删除光标后的n个字符 dd 剪切光标所在的那一行 ndd 剪切光标所在行后的n行 dgg 删除光标前的所有内容 dG 删除光标后的所有内容 ggyG 复制全部内容，按esc键后，先按gg，然后ggyG dG 全部删除，按esc键后，先按gg（到达顶部），然后dG dg0 删除行第一个 :n1,n2d 删除指定范围的行 yy 复制光标所在的行 nyy 复制光标所在行后的n行 p 光标所在行开始，向后粘贴已经复制的内容 P 光标所在行开始，向前粘贴已经复制的内容 u 还原上一次的操作 gg 移动到文件头 G 移动到文件头 命令模式常用命令 正常模式下输入“:”或“/”进入命令行模式 在正常模式下输入命令 命令 作用 :w 保存文本 不退出 :q 不保存退出vim :wq 保存并退出 :w! 强制保存 :q! 强制不保存退出 :wq! 强制保存退出 :set nu 显示行号 :set nonu 不显示行号 :gg 移动到文件头 :G 移动到文件头 :n 移动到第n行 :^ 移动到行首 ：$ 移动到行尾 查找和替换 命令 作用 /查找内容 从光标所在行向下查找，n 下一个，N 上一个 ?查找内容 从光标所在行向上搜索，n 下一个，N 上一个 : s/old/new 用new替换当前行第一个old : s/old/new/g 用new替换当前行所有的old :n1,n2s/old/new/g 用new替换文件n1行到n2行所有的old :%s/old/new/g 用new替换文件中所有的old :%s/^/xxx/g 在每一行的行首插入xxx，^表示行首 :%s/$/xxx/g 在每一行的行尾插入xxx，$表示行尾 插入模式常用命令 正常模式下按下 i、a、o 键 在正常模式下输入命令 命令 作用 a 在光标所在字符后插入 A 在光标所在行尾插入 i 在光标所在字符前插入，按8，再按i，进入插入模式，输入=， 按esc进入命令模式，就会出现8个= I 在光标所在行行首插入 o 在光标下插入新行 O 在光标上插入新行 可视模式常用命令 正常模式下按v进入 在正常模式下 命令 作用 v 进入字符文本 V 进入行文本 ctrl+v 进入块文本然后使用上下左右键进行操作选中区域 d 进行选中的部分删除 y 进行复制 p 进行粘贴 r 进行文本替换 gu 转换为小写 gU 转换为大写 g~ 大小写互换。 1 个帖子 - 1 位参与者 阅读完整话题

Hermes Agent 维护参考文档 用途 ：大模型快速索引 Hermes Agent 常用命令与配置 适用版本 ：v0.x （持续更新，版本号以 hermes --version 为准） 来源站点 ： Hermes Agent Documentation | Hermes Agent 最后更新 ：2026-04-24 虽然有在线文档，但是 md 文档更适合扔给大模型，可以作为 skill 的 reference 文档 下载链接在这里： jianguoyun.com hermes-mcp-maintenance-ref.md - 坚果云 - 云盘|网盘|企业网盘|同步|备份|无限空间|免费网络硬盘|企业云盘 1 个帖子 - 1 位参与者 阅读完整话题

Hermes Agent 维护参考文档 **用途**：大模型快速索引 Hermes Agent 常用命令与配置 **适用版本**：v0.x （持续更新，版本号以 `hermes --version` 为准） **来源站点**： https://hermes-agent.nousresearch.com/docs **最后更新**：2026-04-24 虽然有在线文档，但是 md 文档更适合扔给大模型，可以作为 skill 的 reference 文档 下载链接在这里： https://www.jianguoyun.com/p/DQcUJ-wQr8uZDhi5o6gGIAA

查看docker相关信息 docker info 1. 查看docker下容器 docker ps -a 2. 启动容器 docker start XXX 3. 停掉容器 docker stop XXX 4. 重启容器 docker restart xx 5. 删除容器 docker rm xxx #强行删除所有镜像 docker rmi `docker images -q` -f #删除Exited的容器 sudo docker rm $(sudo docker ps -qf status=exited) 6. 运行容器 以启动adminmongo为例 docker run --name adminmongo -d -p 18081:4321 mrvautin/adminmongo # 查看docker日志 docker logs -f -t --tail 1000(行数) 4a7fdcc7ab8e(容器名) 7. 进入到容器 我用过的两种方法 1. docker exec -it XXX /bin/sh 2. docker attach XXX 8. 删除无用docker镜像 docker images | grep none | grep -v grep | awk '{print $3}' | xargs docker rmi -f 9. 更新容器重启celve docker update --restart=no XXXXX(你的containerId) 10. 查看docker信息 docker inspect XXXXX(你的containerId) 11. 删除镜像 docker rmi XXXXX 基本这几个命令，docker就可以上手了 6 个帖子 - 3 位参与者 阅读完整话题

Source 来源: Cheat Sheet — claude.nagdy.me 一、斜杠命令 / Slash Commands 命令 Command 英文说明 English 中文说明 Chinese /help Show available commands and usage hints 显示可用命令和使用提示 /clear Start a fresh conversation. CLAUDE.md instructions stay active 开始新对话，CLAUDE.md 指令保持生效 /compact Summarize conversation to reduce context usage. Accepts focus instructions 压缩对话以减少上下文占用，可指定关注重点 /context Show context window usage with a visual breakdown of token allocation 显示上下文窗口使用情况，含 token 分配可视化 /diff Open an interactive viewer for uncommitted changes 打开交互式查看器，查看未提交的更改 /model Switch between Sonnet, Opus, and Haiku mid-session 在会话中切换 Sonnet、Opus、Haiku 模型 /cost Show session token usage and estimated cost 显示当前会话的 token 用量和预估费用 /status Show current version, model, and account info 显示当前版本、模型和账户信息 /doctor Run a health check on your Claude Code installation 对 Claude Code 安装进行健康检查 /init Scan your project and generate a starter CLAUDE.md 扫描项目并生成初始 CLAUDE.md 文件 /memory View and edit CLAUDE.md memory files (global, project, auto) 查看和编辑 CLAUDE.md 记忆文件（全局/项目/自动） /review Review code changes on the current branch with suggestions 审查当前分支的代码更改并提供建议 /permissions View and manage tool permissions. Configure in .claude/settings.json 查看和管理工具权限，在 .claude/settings.json 中配置 /config Open Claude Code configuration and settings 打开 Claude Code 配置和设置 /login Switch Anthropic accounts 切换 Anthropic 账户 /branch Fork conversation into a parallel branch to explore alternatives 将对话分叉为并行分支以探索替代方案 /rewind Roll back to a previous message and undo file changes after that point 回退到之前的消息并撤销该点之后的文件更改 /resume Resume a previously saved session by name or ID 通过名称或 ID 恢复之前保存的会话 /rename Rename the current session for easier recall later 重命名当前会话以便后续查找 /export Export the conversation to a markdown file 将对话导出为 Markdown 文件 /effort Set reasoning depth: low, medium, high, or max 设置推理深度：low（低）、medium（中）、high（高）、max（最大） /plan Enter planning mode — Claude researches first, then presents a plan for approval 进入规划模式——Claude 先研究，再呈现计划等待批准 /btw Ask a side question without adding it to conversation history 提问附带问题，不会加入对话历史 /batch Split work across parallel agents in isolated git worktrees 将工作拆分到隔离的 git worktree 中的并行代理 /loop Run a task on a recurring interval within your session 在会话内按间隔循环运行任务 /schedule Create a cloud-backed scheduled task that runs even when offline 创建云端定时任务，离线时也能运行 /debug Toggle verbose mode to see tool calls and thinking steps 切换详细模式，查看工具调用和思考步骤 /simplify Review recently changed files for code quality, reuse, and efficiency 审查最近更改的文件的代码质量、复用性和效率 /agents List, create, edit, or remove subagent definitions 列出、创建、编辑或删除子代理定义 /mcp Show active MCP server connections and available tools 显示活跃的 MCP 服务器连接和可用工具 /plugin Manage plugins — install, list, remove, or reload 管理插件——安装、列出、删除或重新加载 /reload-plugins Hot-reload all plugin files during development 开发时热重载所有插件文件 /sandbox Enable OS-level isolation for file system and network access 启用操作系统级别的文件系统和网络隔离 二、键盘快捷键 / Keyboard Shortcuts 快捷键 Shortcut 英文说明 English 中文说明 Chinese Shift+Tab Cycle through permission modes: default → plan → acceptEdits → auto 循环切换权限模式：default → plan → acceptEdits → auto Option+T / Alt+T Toggle extended thinking on or off 开启/关闭扩展思考 Ctrl+C Cancel the current operation or stop a running command 取消当前操作或停止运行中的命令 Ctrl+D Exit Claude Code from the terminal 从终端退出 Claude Code Ctrl+B Background a currently running subagent task 将运行中的子代理任务放到后台 Ctrl+O Toggle verbose/debug mode (same as /debug) 切换详细/调试模式（同 /debug） Ctrl+G Open the current plan in an external editor 在外部编辑器中打开当前计划 Ctrl+K Open site search on claude.nagdy.me 打开 claude.nagdy.me 站内搜索 Esc Dismiss the active dialog or current suggestion 关闭当前对话框或建议 三、CLI 命令行参数 / CLI Flags 参数 Flag 英文说明 English 中文说明 Chinese claude -p "prompt" Run a one-shot prompt non-interactively. Foundation for CI/CD integration 非交互式运行单次提示，CI/CD 集成基础 --output-format json Return structured JSON output. Useful for parsing in scripts and pipelines 返回结构化 JSON 输出，便于脚本和管道解析 --model <name> Override the default model for a single invocation 单次调用时覆盖默认模型 --permission-mode <mode> Set permission mode: default, plan, acceptEdits, auto, or bypassPermissions 设置权限模式：default、plan、acceptEdits、auto 或 bypassPermissions --sandbox Enable OS-level isolation for safe automated analysis 启用操作系统级隔离以安全地自动分析 --max-turns <n> Cap execution to n turns. Useful for time-limiting automated runs 限制执行最多 n 轮，用于限制自动化运行时间 --no-session-persistence Don’t save session data. Good for disposable automation tasks 不保存会话数据，适合一次性自动化任务 --resume Resume the most recent Claude Code session 恢复最近的 Claude Code 会话 --continue Continue a paused workflow from the current repository 从当前仓库继续暂停的工作流 --agent <name> Start a session with a specific subagent 使用指定子代理启动会话 --plugin-dir <path> Load a plugin for this session only (for testing) 仅为本次会话加载插件（用于测试） --bare Cleanest output for scripted usage. No formatting or decoration 最简洁输出，适合脚本使用，无格式装饰 --worktree Run in an isolated git worktree for experimental work 在隔离的 git worktree 中运行，用于实验性工作 四、重要配置文件 / Key Configuration Files 文件 File 英文说明 English 中文说明 Chinese CLAUDE.md Project-level instructions, conventions, and workflow notes. Committed to git and shared with the team 项目级指令、约定和工作流笔记，提交到 git 并与团队共享 CLAUDE.local.md Personal overrides for CLAUDE.md. Git-ignored, not shared CLAUDE.md 的个人覆盖配置，被 git 忽略，不共享 .claude/settings.json Project settings: permissions, hooks, MCP servers. Committed to git 项目设置：权限、钩子、MCP 服务器，提交到 git .claude/settings.local.json Personal project settings. Git-ignored, overrides .claude/settings.json 个人项目设置，被 git 忽略，覆盖 .claude/settings.json ~/.claude/CLAUDE.md Global user instructions that apply to all projects 全局用户指令，适用于所有项目 ~/.claude/settings.json Global user settings that apply to all projects 全局用户设置，适用于所有项目 .claude/skills/ Project-scoped custom skills (SKILL.md files). Committed to git 项目范围的自定义技能（SKILL.md 文件），提交到 git .claude/agents/ Project-scoped subagent definitions. Committed to git 项目范围的子代理定义，提交到 git .claude/rules/*.md Path-scoped rules. Use frontmatter paths: field to target specific files 路径范围的规则，使用 frontmatter 的 paths: 字段指定目标文件 .mcp.json Project MCP server configuration. Committed to git, shared with team 项目 MCP 服务器配置，提交到 git，与团队共享 ~/.claude.json User/local MCP server configuration 用户/本地 MCP 服务器配置 五、MCP 服务器管理 / MCP Server Management 命令 Command 英文说明 English 中文说明 Chinese claude mcp add <name> <uri> Register a new MCP server. Supports HTTP and stdio transports 注册新 MCP 服务器，支持 HTTP 和 stdio 传输 claude mcp add --header Add an MCP server with authentication headers 添加带认证头的 MCP 服务器 claude mcp list List all configured MCP servers with transport and connection status 列出所有配置的 MCP 服务器及其传输方式和连接状态 claude mcp get <name> Show details for a specific MCP server 显示特定 MCP 服务器的详细信息 claude mcp remove <name> Remove an MCP server configuration 移除 MCP 服务器配置 claude mcp add-from-claude-desktop Import MCP server configurations from Claude Desktop 从 Claude Desktop 导入 MCP 服务器配置 /mcp Show active connections in-session and trigger OAuth flows 在会话内显示活跃连接并触发 OAuth 流程 mcp__server__tool MCP tools appear namespaced. Use naturally in conversation MCP 工具以命名空间方式出现，在对话中自然使用即可 六、Hooks 钩子系统 / Hook System 钩子 Hook 英文说明 English 中文说明 Chinese PreToolUse Runs before a tool executes. Can block the action (exit code 2) 在工具执行前运行，可阻止操作（退出码 2） PostToolUse Runs after a tool completes. Use for formatting, linting, or logging 在工具完成后运行，用于格式化、lint 或日志记录 UserPromptSubmit Intercept user input before Claude processes it 在 Claude 处理之前拦截用户输入 Stop Runs when Claude finishes responding. Check completion criteria 当 Claude 完成回复时运行，检查完成条件 SubagentStart / SubagentStop Track subagent lifecycle for orchestration and logging 跟踪子代理生命周期，用于编排和日志记录 Hook types 钩子类型 command (shell), prompt (LLM evaluation), agent (subagent), http (webhook) command（Shell）、prompt（LLM 评估）、agent（子代理）、http（Webhook） Hook matchers 钩子匹配器 Filter which tools trigger hooks: exact name, regex, or * for all 过滤触发钩子的工具：精确名称、正则或 * 匹配全部 Skill-level hooks 技能级钩子 Define hooks in SKILL.md frontmatter. Scoped to that skill only 在 SKILL.md frontmatter 中定义钩子，仅作用于该技能 七、权限模式 / Permission Modes 模式 Mode 英文说明 English 中文说明 Chinese default Ask before write/edit/bash operations. Read, Glob, Grep always allowed 写入/编辑/bash 操作前询问，Read、Glob、Grep 始终允许 plan Research and present plans only. No file modifications until approved 仅研究并展示计划，批准前不修改文件 acceptEdits Allow file edits without prompting. Still ask for Bash commands 允许文件编辑无需确认，Bash 命令仍需询问 auto Allow all operations without prompting. Use in trusted environments 允许所有操作无需确认，在受信任环境中使用 bypassPermissions Skip all safety checks. Only for fully automated CI/CD pipelines 跳过所有安全检查，仅用于全自动 CI/CD 管道 Allow patterns 允许模式 Pre-approve specific tools in .claude/settings.json 在 .claude/settings.json 中预批准特定工具 Deny patterns 拒绝模式 Block dangerous operations regardless of permission mode 无论权限模式如何，都阻止危险操作 八、子代理 / Subagents 命令/配置 Command/Config 英文说明 English 中文说明 Chinese @"agent-name" Invoke a specific agent inline during conversation 在对话中内联调用指定代理 claude --agent <name> Start a full session with a specific agent from the CLI 从命令行以指定代理启动完整会话 .claude/agents/*.md Define project-scoped agents with frontmatter for tools, model, effort 定义项目范围代理，frontmatter 配置工具、模型、effort Built-in agents 内置代理 general-purpose, Explore (Haiku, read-only), Plan (research first) 通用代理、Explore（Haiku，只读）、Plan（先研究） isolation: worktree Run agent in an isolated git worktree for safe experimentation 在隔离的 git worktree 中运行代理，安全实验 background: true Run agent in background. Use Ctrl+B to background a running agent 后台运行代理，使用 Ctrl+B 将运行中的代理放到后台 九、插件管理 / Plugin Management 命令 Command 英文说明 English 中文说明 Chinese /plugin install <name> Install a plugin from the official marketplace 从官方市场安装插件 /plugin install github:user/repo Install a plugin directly from a GitHub repository 直接从 GitHub 仓库安装插件 /plugin list List installed plugins with their skills, agents, and hooks 列出已安装插件及其技能、代理和钩子 /reload-plugins Hot-reload plugin files during development 开发时热重载插件文件 claude --plugin-dir ./path Load a plugin for one session only (for testing) 仅为一次会话加载插件（用于测试） .claude-plugin/plugin.json Required plugin manifest. Declares name, version, author, userConfig 必需的插件清单文件，声明名称、版本、作者、用户配置 plugin-name:command Plugin commands are namespaced to avoid conflicts 插件命令使用命名空间以避免冲突 十、常用工作流组合 / Common Workflow Combos 工作流 Workflow 英文说明 English 中文说明 Chinese /effort high → /plan → approve → implement Deep work: set high reasoning, plan first, then execute 深度工作：设置高推理，先规划再执行 /diff → /cost → /export → /compact End-of-session: review changes, check cost, export, then compact 会话结束：审查更改、查看费用、导出、然后压缩 /batch <instruction> Large refactors: split work across parallel agents in isolated worktrees 大型重构：将工作拆分到隔离 worktree 中的并行代理 /loop 5m <check> Monitoring: poll build status, error logs, or deploy health on interval 监控：按间隔轮询构建状态、错误日志或部署健康度 /branch → experiment → /resume Exploration: branch conversation, try an approach, resume if it fails 探索：分叉对话，尝试方案，失败则恢复 echo $DIFF | claude -p "review" --output-format json CI/CD: pipe diffs into Claude for automated code review with JSON output CI/CD：将 diff 输入 Claude 进行自动代码审查，输出 JSON /init → edit CLAUDE.md → commit Project setup: generate instructions, customize, share with team 项目初始化：生成指令、自定义、与团队共享 1 个帖子 - 1 位参与者 阅读完整话题